Anja bắt đầu sự nghiệp người mẫu chuyên nghiệp sau khi tốt nghiệp phổ thông. Cô được lên trang bìa của nhiều tạp chí bao gồm Pháp, Hàn Quốc, Nhật Bản, Tây Ban Nha và Vogue Đức, Numéro, Flair, Russh, Nylon và Elle. Cô đã làm người mẫu cho nhiều thương hiệu như Givenchy, Chloe, Christian Dior, Hermès, Valentino, Gucci, H&M, Gap, Fendi, Missoni, Versace, Dolce & Gabbana, Oscar de la Renta, Chanel, Balenciaga, Calvin Klein,Balmain, Louis Vuitton, và Ralph Lauren. Cô cũng thường xuyên được mời tham gia trình diễn trong tuần lễ thời trang cao cấp của các hãng Valentino, Chanel, Christian Lacroix và Elie Saab. Anja thường xuyên được mời phỏng vấn trên các tạp chí thời trang nổi tiếng.[3]

Anja Rubik tham gia trình diễn cho Victoria's Secret vào năm 2009 và 2010.

Vogue Paris xếp cô trong top 30 người mẫu của thập niên 2000.[4] Năm 2011 cô đứng vị trí thứ 3 trong top 50 người mẫu do trang web Models.com bình chọn[5] chỉ sau Freja Beha, Natasha Poly và Lara Stone, đứng thứ 18 trong top 25 người mẫu có thu nhập cao nhất thế giới cũng do Models.com bình chọn[6]. Anja cũng thường xuyên có mặt trong top 10 first face của Fasshion TV trong các tuần lễ thời trang.

Năm 2011, Anja Rubik là một trong những người mẫu xuất hiện trong bộ lịch Pirelli do Karl Lagerfeld làm đạo diễn. Cô cũng là người mẫu xuất hiện trong chiến dịch quảng cáo của Lacoste trong tháng 1.

Anja Rubik là người mẫu yêu thích của Fendi cô liên tục được ở đầu cho show diễn của hãng này trong nhiều năm liền.